Durante 12 números, las Tortugas Ninja se han enfrentado a un desafío tras otro mientras han sido separadas, acusadas de asesinato y juzgadas como los mayores villanos de la ciudad de Nueva York. La lucha por limpiar sus nombres y finalmente curar a su familia se reduce a esto, ya que nada se interpone entre las Tortugas y su libertad… excepto una amenaza como ninguna otra a la que se hayan enfrentado.