Antes de que Karai, líder del Clan del Pie, se recluyera misteriosamente, ordenó a sus soldados Natsu, Koya y Bludgeon que permitieran al nuevo fiscal de distrito de Manhattan, Hieronymus Hale, hacer lo que fuera necesario para eliminar a las Tortugas Ninja del tablero. Pero con la Patrulla de Pie militarizada de Hale sembrando el caos por toda la ciudad y deshonrando el nombre del Pie, los soldados mutantes de Karai deciden que ya no pueden quedarse de brazos cruzados. Mientras tanto, los oficiales Kara Lewis y Monty Moose se enfrentan a la Patrulla de Pie, quienes tienen poco interés en ayudar a los mejores de Nueva York a mantener la paz.
