Durante 12 números, las Tortugas Ninja se han enfrentado a un desafío tras otro al ser separadas, acusadas de asesinato y juzgadas como los mayores villanos de la ciudad de Nueva York. La lucha para limpiar sus nombres y, por fin, sanar a su familia llega a su fin, ya que nada se interpone entre las Tortugas y su libertad... excepto una amenaza como ninguna otra a la que se hayan enfrentado jamás.