Antes de que la líder del Clan del Pie, Karai, se retirara misteriosamente, ordenó a sus soldados del Pie Natsu, Koya y Bludgeon que dejaran que el nuevo fiscal de distrito de Manhattan, Hieronymus Hale, hiciera lo que tuviera que hacer para sacar a las Tortugas Ninja del tablero. Pero con la Patrulla del Pie militarizada de Hale causando estragos en toda la ciudad y avergonzando el nombre del Pie, los soldados mutantes de Karai deciden que ya no pueden permanecer de brazos cruzados. Mientras tanto, los oficiales Kara Lewis y Monty Moose se topan con la Patrulla del Pie, que tienen poco interés en ayudar a la policía de Nueva York a mantener la paz.